Pada 2016, sebuah krisis dari pembangkit listrik tenaga nuklir menciptakan bencana besar di Tokyo. 20 tahun kemudian, kota ini menjadi kota hantu karena radiasi tingkat tinggi. Dari daerah itu sinyal marabahaya diterima. Pasukan Pertahanan Diri mengirimkan tiga gadis dari unit Coppelion khusus untuk mencari korban. Tapi kenapa mereka tidak memakai perlindungan terhadap radiasi?
